Index

C

compute_silhouette_command() (in module scsilhouette.cli)

compute_summary_stats() (in module scsilhouette.compute) compute_summary_stats_command() (in module scsilhouette.cli)

E

extract_binary_genes() (in module scsilhouette.nsforest)

F

filter_by_age() (in module scsilhouette.compute)

G

get_output_prefix() (in module scsilhouette.utils)

I

inspect_h5ad() (in module scsilhouette.inspect_h5ad_annotations)

L

load_binary_gene_list() (in module scsilhouette.nsforest) load_nsforest_binary_genes() (in module scsilhouette.nsforest)

load_obo_ids() (in module scsilhouette.compute) load_obo_labels() (in module scsilhouette.compute)

M

main() (in module scsilhouette.cli) map_gene_symbols_to_ensembl() (in module scsilhouette.utils) module scsilhouette scsilhouette.cli scsilhouette.compute scsilhouette.inspect_h5ad_annotations scsilhouette.logging_config scsilhouette.nsforest scsilhouette.utils scsilhouette.viz

P

plot_2D_projection() (in module scsilhouette.viz)

plot_distribution() (in module scsilhouette.viz) plot_silhouette_summary() (in module scsilhouette.viz)

R

run_silhouette() (in module scsilhouette.compute)

S

scsilhouette module scsilhouette.cli module scsilhouette.compute module scsilhouette.inspect_h5ad_annotations module

scsilhouette.logging_config module scsilhouette.nsforest module scsilhouette.utils module scsilhouette.viz module setup_logger() (in module scsilhouette.logging_config)

V

viz_2D_projection_command() (in module scsilhouette.cli)

viz_distribution_command() (in module scsilhouette.cli) viz_summary_command() (in module scsilhouette.cli)