scsilhouette package

Submodules

• scsilhouette.cli module
  • compute_summary_stats_command()
  • compute_silhouette_command()
  • viz_summary_command()
  • viz_2D_projection_command()
  • viz_distribution_command()
  • main()
• scsilhouette.compute module
  • load_obo_ids()
  • load_obo_labels()
  • filter_by_age()
  • run_silhouette()
  • compute_summary_stats()
• scsilhouette.download module
• scsilhouette.inspect_h5ad_annotations module
  • inspect_h5ad()
• scsilhouette.logging_config module
  • setup_logger()
• scsilhouette.nsforest module
  • load_nsforest_binary_genes()
  • extract_binary_genes()
  • load_binary_gene_list()
• scsilhouette.utils module
  • get_output_prefix()
  • map_gene_symbols_to_ensembl()
• scsilhouette.viz module
  • plot_silhouette_summary()
  • plot_2D_projection()
  • plot_distribution()

Module contents

scsilhouette: Silhouette score analysis for single-cell clustering QC.